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新生兒甲狀腺功能減退癥的病因主要有以下幾點：
第一、新生兒甲狀腺發(fā)育不良。
第二、新生兒甲狀腺激素合成減少。
第三、新生兒下丘腦垂體功能減退，導致TSH分泌量減少。
第四、一過性甲狀腺功能減退癥，一過性甲狀腺功能減退癥的發(fā)生，通常是因為母體內(nèi)的抗甲狀腺藥物、高碘，或者母體甲狀腺刺激阻斷性的抗體通過胎盤進入胎兒體內(nèi)，從而抑制了胎兒的甲狀腺功能，使新生兒出現(xiàn)甲狀腺功能減退癥，大多數(shù)病例呈散發(fā)性。
常規(guī)篩查新生兒甲狀腺功能，有利于早期發(fā)現(xiàn)甲狀腺功能減退癥，在新生兒中，甲狀腺功能減退癥的發(fā)生率大約是0.025%。