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唇腭裂遺傳率的高低受多種因素的影響，首先發(fā)病率與親緣關系有關，患者一級親屬發(fā)病率為4%，二級親屬為發(fā)病0.7%。隨著親屬級別的降低，發(fā)病風險也逐漸下降。另外，近親婚配，子女再發(fā)唇腭裂的風險相對來講會增高，畸形越嚴重，親屬的再發(fā)風險也就越高。相對來講，單側唇裂的患者，同胞再發(fā)風險是2.4%。如果一側唇裂合并腭裂的患者，其兄弟姐妹再發(fā)風險為4%。而雙側唇裂合并有腭裂的患者，那么他的兄弟姐妹再發(fā)風險可以高達5%。
發(fā)病率在不同性別中也有明顯的差異，唇腭裂在男性中發(fā)病率要高于女性，女性后代的發(fā)病風險逐年升高，相反，男性患者后代的再發(fā)風險就會降低。這是因為發(fā)病率低的性別，發(fā)病的閾值就比較高，一旦發(fā)病，則意味著帶有較多的致病基因。