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扁平疣是病毒疣、息肉、人乳頭狀瘤病毒，也就是HPV病毒感染皮膚黏膜引起良性的皮膚新生物。HPV病毒的亞型有100余種，引起扁平疣的主要是HPV的三亞型，扁平疣傳染源主要是扁平疣患者。
另外，健康的帶病毒者也是潛在傳染源。傳播的方式主要是通過直接或間接的接觸傳播包括自體接種，所以扁平疣的患者不要搔抓患處，否則扁平疣會(huì)沿著這種抓痕自我接種，這就是扁平疣的同性反應(yīng)，沿著抓痕或皮膚破損的位置會(huì)出現(xiàn)新的疣體。
扁平疣具體的發(fā)病機(jī)制是人乳頭瘤狀病毒通過皮膚黏膜等微小損傷進(jìn)入到上皮細(xì)胞內(nèi)，并在里面繁殖增殖導(dǎo)致上皮細(xì)胞出現(xiàn)異常分化和增生，在皮膚上出現(xiàn)這些疣狀的損害。
人體是普遍對HPV病毒易感，免疫功能低下以及皮膚有外傷更加易感，日曬也會(huì)加重扁平疣。