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新生兒感染的時候，避免使用的抗菌藥物如下：
1、新生兒禁用或慎用的抗菌藥物：禁用的抗菌藥物如喹諾酮類，代表藥物有氧氟沙星等，在新生兒期基本禁用。
2、有毒副作用的藥：對新生兒副作用相對比較大，但是又沒有條件監(jiān)測血藥濃度的抗菌藥物，如氨基糖苷類中的硫酸丁胺卡那霉素、硫酸慶大霉素等，可以造成新生兒的腎毒性，尤其是可以造成耳毒性，導致新生兒耳聾。
3、對病原菌不敏感的藥物：如新生兒李斯特菌感染對頭孢類不敏感，所以在有條件的情況下盡量取得病原菌，可以做體液、痰液或者腦脊液等相關(guān)培養(yǎng)。如果能明確找到病原菌，按照藥敏試驗以及結(jié)合新生兒的年齡段可以使用的抗生素，選擇有效的抗生素，這是最好的方式。