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對于臨床上常見的引起尿路感染的致病菌，分為病毒、細菌、真菌、寄生蟲等幾類，其中細菌最常見。在細菌中最多見的是革蘭氏陰性桿菌，包括大腸桿菌，也叫大腸埃希菌，其感染幾率能占一半以上。然后是肺炎克雷伯菌，以及其他的細菌，比如腸球菌、變形桿菌、銅綠假單胞菌等。
除了上述常見的細菌之外，對于免疫力低下或者長期使用抗生素的患者，真菌感染也經(jīng)常被發(fā)現(xiàn)，所以對那些經(jīng)驗性使用抗生素治療之后，癥狀不見緩解，化驗指標不見明顯改善的患者，就要考慮真菌感染的可能性。除此之外，比較少見的還有寄生蟲、病毒等其他的感染，這些在臨床上占的比例相對比較小一些。