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引起牙周膿腫的病原菌有很多，牙周膿腫是一種以厭氧菌為主的混合感染，常見的包括需氧或者是兼性的厭氧菌，比如革蘭氏陽性的絲狀菌和口腔鏈球菌。
還有革蘭氏陰性或者是專性的厭氧菌，一般在牙齦溝或者牙周袋內(nèi)比較深的部位。還有兼性的或者是專性的厭氧菌，比如月形單胞菌、螺旋體、彎曲桿菌、弧菌、二氧化碳嗜纖維菌，這些細菌都存在于牙齦溝內(nèi)，和形成牙石有關(guān)。
還有包括類桿菌、梭桿菌、雙歧桿菌、消化球菌、消化鏈球菌和韋永菌等，還有厭氧弧菌、弧狀的腐蝕菌、厭氧鏈球菌。還有一些未能鑒定的厭氧菌，這些細菌都可以引起牙周的感染，如果未被機體控制，就形成了牙周膿腫。