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鼠疫的首選藥物是鏈霉素，鏈霉素本身有耳毒性和腎毒性。如果存在應用鏈霉素的禁忌，也可以選擇氯霉素、四環(huán)素類、三代頭孢菌素以及氟喹諾酮類的藥物。
如果患者存在中樞神經系統(tǒng)的感染，一般首選氯霉素，但氯霉素本身有較嚴重的骨髓抑制，所以也可以應用三代頭孢菌素。對于嚴重的病例，也可以應用藥物的聯(lián)合治療，比如鏈霉素可以聯(lián)合應用四環(huán)素類或者聯(lián)合應用氯霉素。一般患者的療程，通常需要結合患者感染的部位，如果僅僅是腺病毒的感染，通常10-15天的時間。但如果有中樞神經系統(tǒng)的感染，或者較嚴重的肺部感染、敗血癥，患者的療程還會延長。