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甲硝唑治療尿路感染效果不理想，尿路感染的常見致病菌為革蘭氏陰性桿菌，其中以大腸埃希菌最為常見，約占全部尿路感染的85%，還有為克雷伯桿菌、變形桿菌、檸檬酸桿菌屬等，5%-15%的尿路感染由革蘭氏陽性細菌引起，主要是腸球菌和凝固酶陰性的葡萄球菌。
其他病原體感染有腺病毒、結核分枝桿菌、衣原體和真菌，盡管有這么多類型的細菌，但都屬于需氧菌或兼性需氧菌，而甲硝唑為硝基咪唑類藥物，具有抗厭氧菌的作用，故被列為抗厭氧菌的基礎藥物，廣泛用于厭氧菌感染的治療，對需氧菌或兼性需氧菌無效。