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CT檢查主要是對大型的垂體瘤有臨床診斷價值，1cm以下的微垂體瘤診斷效果就比較差，易遺漏。因為CT的軟組織分辨率比較低，同時顱底骨質的偽影比較大，所以臨床上主要推薦做磁共振檢查。磁共振檢查是診斷垂體瘤的主要工具，可以清楚的顯示腫瘤的大小、形態(tài)、位置、與周圍結構的關系，直徑在約1-3mm的腫瘤,也可清晰顯示。

部分腫瘤的信號與周圍的正常垂體的信號組織較近似，兩者難以區(qū)分。尤其小的，5mm左右的，甚至更小的，此時需要結合增強掃描，甚至垂體的動態(tài)中磁共振增強掃描，來了解區(qū)分，同時要多結合臨床，根據(jù)臨床表現(xiàn)，甚至內分泌的實驗室檢查進行診斷。