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肺炎主要由病原微生物引起感染，常以細菌為主，占成人感染肺炎的80%以上，包括肺炎鏈球菌、金黃色葡萄球菌、肺炎支原體、肺炎衣原體、軍團菌等。其中病毒性細菌中的肺炎鏈球菌，在臨床上比較容易治療。而病毒性的肺炎有傳染性，病情較為兇險，但患病率較低，如導致高致病性人禽流感病毒性肺炎的H1N1、H5N1、H7N9等。