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多數(shù)惡性胃腸道間質(zhì)瘤都不會遺傳，但約有5%會遺傳，被稱為是家族性胃腸道間質(zhì)瘤。多數(shù)惡性胃腸道間質(zhì)瘤不會遺傳，因?yàn)橹挥邪l(fā)生在生殖細(xì)胞當(dāng)中的突變才有可能遺傳下來，這種突變叫做胚系突變。胚系突變都是發(fā)生于胚胎發(fā)育時(shí)期，此時(shí)的患者已經(jīng)攜帶有變異基因，大部分都是從父母遺傳而來，并且存在于生殖細(xì)胞內(nèi)會再一次遺傳給自己的下一代，而引發(fā)胃腸道間質(zhì)瘤的基因突變，包括C-KIT或PDGFRα基因活化突變，大部分是體系的突變，約有5%的惡性胃腸道間質(zhì)瘤有家族史。

一個(gè)家族中往往有多個(gè)患者，家族性胃腸道間質(zhì)瘤聚集發(fā)病現(xiàn)象雖然罕見，但也并非絕不存在，這種小概率事件同樣與基因種系有關(guān)，比如Ⅰ型神經(jīng)纖維瘤病相關(guān)性胃腸道間質(zhì)瘤，對于家族遺傳性腫瘤，基因檢測可以取得比較良好的防治效果。如果不幸發(fā)現(xiàn)自己有遺傳風(fēng)險(xiǎn)，定期檢測觀察，早發(fā)現(xiàn)、早治療，疾病控制效果也會很好，患者不必為此過多憂慮。