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因為磁共振具有無電離輻射的特點，是綠色環(huán)保的檢查方法，所以對于胎兒也是很重要的檢查手段，主要是用于胎兒先天發(fā)育畸形、先天腫瘤進(jìn)行診斷。如在腦部有胼胝體發(fā)育不良、后顱窩先天性畸形、腦組織先天性腫瘤，還包括肝臟、腎臟先天發(fā)育缺如、轉(zhuǎn)位，還有先天性腫瘤，比如神經(jīng)管閉合畸形等，磁共振都是很有力的診斷手段。

在早孕期間，即懷孕12周內(nèi)，孕婦要謹(jǐn)慎地進(jìn)行磁共振檢查，雖然現(xiàn)在還沒有證據(jù)來證明磁共振對于早孕12周之內(nèi)，即胎兒器官形成的重要時期會有影響。但基于倫理學(xué)的考慮，國家還沒有批準(zhǔn)在懷孕12周之內(nèi)對胎兒進(jìn)行核磁共振檢查。所以對這種情況一定要慎之又慎，如果有剛剛懷孕在12周之內(nèi)的孕婦，進(jìn)行檢查時一定要提前聲明，做好評估方可進(jìn)行檢查。

胎兒磁共振具有很明顯的客觀性先天優(yōu)勢，但也有比較復(fù)雜的地方，如對孕婦的要求比較高，所以在進(jìn)行胎兒磁共振時，往往都要進(jìn)行超聲篩查。超聲仍然是胎兒檢查的主要檢查手段，磁共振是超聲的有力補(bǔ)充。