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肺曲霉菌感染治療較困難，因為肺曲霉菌屬于真菌的一種，真菌在自然中生存力較強(qiáng)，對于藥物適應(yīng)性較強(qiáng)，藥物治療效果起效較慢，所以總體而言肺曲霉菌感染治療困難。細(xì)分肺曲霉菌存在不同情況，包括侵襲性曲霉菌病，侵襲性肺曲霉菌病又有肺的其它侵襲，存在血管侵襲，治療困難程度較大，需保證足夠療程，選擇敏感藥物。

除侵襲性曲霉菌病，還有一些曲菌球，曲菌球?qū)儆诼郧咕?，藥物無法達(dá)到足夠濃度，采用內(nèi)科治療辦法無法解決，一般需要外科手術(shù)治療。除上述兩種，曲霉菌病還有過敏性曲霉菌病，例如ABPA可以表現(xiàn)為喘息，治療可以給予抗真菌藥物，同時給予激素藥物，故過敏性曲霉菌的支氣管炎治療相對較前兩種簡單。