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腦炎整個(gè)治療療程與感染部位、感染病原體以及有無(wú)并發(fā)癥密切相關(guān)。一般病毒性腦炎治療至少需要1-2周，重癥病毒性腦炎，如單純皰疹病毒性腦炎，治療時(shí)間至少為3周，化膿性腦膜炎以及所有細(xì)菌性腦膜炎均應(yīng)該堅(jiān)持足療程抗菌藥物治療。根據(jù)感染菌種不同，腦膜炎奈瑟菌治療至少是7天，肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌至少是10-14天，金黃色葡萄球菌至少是14天，大腸埃希菌、李斯特菌治療至少是3周。

當(dāng)病原菌不明確時(shí)，需要結(jié)合臨床療效，建議至少進(jìn)行2周的治療。如果存在有其它部位病灶，即腦外病灶，或合并并發(fā)癥，需根據(jù)具體情況決定是否需要延長(zhǎng)抗菌藥物治療的時(shí)間。其他感染如隱球菌腦膜炎，即真菌性腦膜炎，治療一般是1-3個(gè)月，結(jié)核性腦膜炎至少是0.5-1年。因此，腦炎患者住院時(shí)間、治療療程與患兒個(gè)體情況相關(guān)。