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革蘭氏陰性桿菌是腎盂腎炎最常見的致病菌，其中以大腸埃希菌最為常見，約占全部感染的80%-90%，其次是變形桿菌、克雷伯桿菌。約有5%-10%的尿路感染是由革蘭氏陽性菌引起的，主要是糞鏈球菌和凝固酶(-)的葡萄球菌，其中院內(nèi)感染復(fù)雜性或復(fù)發(fā)性的感染，尿路器械檢查后發(fā)生的感染，則多為糞鏈球菌、變形桿菌、克雷伯桿菌和銅綠假單胞菌所導(dǎo)致，其中變形桿菌最常見于伴有尿路結(jié)石者，銅綠假單胞菌多見于尿路器械檢查后，金黃色葡萄球菌則常見于血源性尿路感染。此外結(jié)核分枝桿菌、衣原體、真菌等也可以引起腎盂性腎炎。

近年來由于抗生素的廣泛使用，使得細菌的耐藥性逐漸增強，目前國外報道中革蘭(-)桿菌對氨芐西林耐藥率達到50%，對磺胺類藥物的耐藥率可達到22%，在長期使用抗生素的患者中，耐喹諾酮類的革蘭（+）菌也是較為普遍的。